1、选择玻璃或陶瓷或食品级PVC材质容器存放，由于蜂巢蜜是呈弱酸性的额，有一定的腐蚀性，容易和金属器皿产生化学反应使蜂蜜发黑或变质，所以建议用玻璃器皿来放蜂巢蜜。
2、存放蜂巢蜜的环境一定要干燥，因为蜂蜜具有吸湿性，所以潮湿的环境容易导致蜂巢蜜变质。
3、密封保存，如果你长期不用的蜂巢蜜最好在阴凉处全密封存放，避免空气的水分或者气味渗入到蜂巢蜜中，降低了蜂巢蜜的品质。
4、避光保存，蜂巢蜜在存放的时候要避免高温日照，太阳的直射时间久了，可能导致蜂巢蜜变质。
5、蜂巢蜜非常吸水的，因为它浓度高，所以细菌什么的难以在蜂巢蜜里面生活，但是吸水以后浓度下降，就为细菌塑造了好的环境，所以建议把不用的和经常要用的蜂巢蜜分开来放，不用的放在防水的环境，经常用的可以单独放起来，每次取蜜注意保持勺子干燥。