一、内设机构： 内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。内设机构一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。在国家食品药品监督管理系统中，内设机构设有21个：办公厅、综合司（政策研究室）、法制司、食品安全监管一司、食品安全监管二司、食品安全监管三司、药品化妆品注册管理司、中药民族药监管司、医疗器械注册管理司、药品化妆品监管司、医疗器械监管司、稽查局、应急管理司、科技和标准司、新闻宣传司、人事司、规划财务司、国际合作司（港澳台办公室）、机关党委、驻总局纪检组监察局、离退休干部局。
二、直属机构。直接隶属于总局。它们在总局的领导下主管某一方面的专门业务，职责任务具有一定的独立性和系统性，工作任务较小或较为单一。其部门首长不是总局的组成人员。总局的直属机构设有21个。