故事发生在1866年，法国人阿罗纳克斯，一位生物学家，应邀赴美参加一项科学考察活动。这时，海上出了个怪物，在全世界闹得沸沸扬扬。
科考活动结束之后，生物学家正准备束装就道，返回法国，却接到美国海军部的邀请，于是改弦更张，登上了一艘驱逐舰，参与“把那个怪物从海洋中清除出去”的活动。
经过千辛万苦，“怪物”未被清除，驱逐舰反被“怪物”重创，生物学家和他的仆人以及为清除“怪物”被特意请到驱逐舰上来的一名捕鲸手，都成了“怪物”的俘虏！
结果发现“怪物”是一艘尚不为世人所知的潜水艇，名“鹦鹉螺”号。潜艇对俘虏倒也优待；只是，为了保守自己的秘密，潜艇艇长尼摩从此永远不许他们离开。
阿罗纳克斯一行别无选择，只能跟着潜水艇周游各大洋。
十个月之后，这三个人终于在极其险恶的情况下逃脱，生物学家才得以把这件海底秘密公诸于世。
海底两万里有什么故事 扩展
此书主要讲述鹦鹉螺号潜艇的故事。1866年，海上发现了一只疑似为独角鲸的大怪物，阿龙纳斯教授及仆人康塞尔受邀参加追捕。在追捕过程中，他们与鱼叉手尼德·兰不幸落水，到了怪物的脊背上。
他们发现这怪物并非是什么独角鲸，而是一艘构造奇妙的潜艇。潜艇是尼摩在大洋中的一座荒岛上秘密建造的，船身坚固，利用海水发电。尼摩船长邀请阿龙纳斯海底旅行。他们从太平洋出发，经过珊瑚岛、印度洋、红海、地中海、大西洋，看到海中许多罕见的动植物和奇异景象。
途中还经历了搁浅、土著围攻、同鲨鱼搏斗、冰山封路、章鱼袭击等许多险情。
最后，当潜艇到达挪威海岸时，三人不辞而别，回到了他们的家乡。