在申报期内，应该向其主管税务机关所在地申报分支机构的汇算清缴。
具体说明如下：1.在申报期内应该向其主管税务机关所在地申报分支机构的汇算清缴。
2.根据《企业所得税年度纳税申报暂行办法》规定，企业可以按月预缴企业所得税，也可以在当年的1月1日至翌年4月30日之间汇算清缴。
而对于有多个分支机构的企业，其汇算清缴是需要向其主管税务机关申报的。
3.分支机构汇算清缴需要企业提供各个分支机构的纳税信息，因此企业在进行汇算清缴前需要做好各个分支机构的内部核对工作，确保信息的准确性和完整性。
另外，企业在申报时还需要注意汇算清缴申报表的填报要求和流程，以便顺利完成申报。
有分支机构汇算清缴怎么申报 扩展
1、确认纳税义务：确定分支机构企业是否被视为独立纳税主体，确定其应纳税种、税率及应纳税款额
2、准备报表：准备企业所得税月度申报表、季度申报表、年度申报表，并准备相应的资料证明
3、申报清缴：向税务机关报送申报清缴申请以及联合申报材料，提出清缴申请，并缴纳清缴税款
4、归档备案：将税务机关出具的清缴凭证正本和复印件归档，在有关税务部门做出相关备案。