开始出现：129 来自黑衣组织的女子&大学教授杀人事件。
这集分两个案子，第一部分灰原哀转入帝丹小学。然后少年侦探团接到委托寻找一个男孩的哥哥，最后发现他哥哥被绑架制作伪钞，最后关头灰原哀拿起女主犯的枪射击，引起警察的注意，解救了小男孩的哥哥。哀被警察责骂后装哭，柯南负责把她送回家，路上哀向柯南说出自己是灰衣组织的人，并且是APTX4869的制作者。
第二部分是哀想起自己曾经把APTX4869的资料光盘连同姐姐的照片光盘送到一个大学教授家，然后他们去那个教授家，发现教授死了……最后哀知道自己的姐姐就死在柯南的面前，在柯南面前大哭……
拓展资料：
其他出现的集数：
130~131 竞技场胁迫事件。
135 消失的凶器搜索事件。
136~137 青色古城探索事件。
138~139 最后的上映杀人事件。
156~157 本厅刑事的恋爱物语2。
176~178 与黑衣组织的再会。
212~213 蘑菇、山熊和探侦队。
230~231 谜一样的乘客。
233~234 无法消失的证据。
246~247 陷入网中的谜团。
279~280 迷宫的阴暗。
