这两个根本不是一个时代的产品，内容和分数的计算方法以及意义完全不同。
3DMARK03诞生于DX8到DX9时代，是过渡时期的产物，测试场景中主要是DX8（第二和第三场景），甚至DX7（第一场景），仅有第四个MOTHERNATURAL是DX9场景，由于处于DX过渡期，而且是当时ATI(AMD)和NVIDIA冲突最激烈的时期，诞生以后争议不断，优化、作弊的事情时有发生，可能是3DMARK历史上争议最多，补丁最多的一代了，而且3DMARK03和3DMARK2001SE,3DMARK2000等一样，偏重于整机的游戏性能，所以处理器不同对得分的影响非常大。
而3DMARK06则是一款纯DX9的显卡测试软件，基于DX9的最终版DX9.0C（3DMARK06和3DMARK03中还有一款纯DX9的3DMARK05），它和3DMARK05的场景基本一样，只是加入了DX9.0C特效，做了一些小的改动，增加了一个新场景，所以也有人说应该叫3DMARK05SE。它和05相对以前的3DMARK最大的区别在于将处理器分数独立出来，虽然处理器性能依然会影响显卡得分，但是影响已经远比早期的3DMARK版本低了，所以3DMARK05和3DMARK06应该是更加偏重于显卡测试而不是整机游戏性能测试了。
